Il Costa Rica è in gran parte montuoso e corrisponde strutturalmente alla dorsale istmica, bordata su entrambi i versanti da pianure costiere. Il territorio è percorso da un sistema di rilievi, che da nord a sud si articolano in tre cordigliere: Cordigliera di Guanacaste, Cordigliera Centrale e Cordigliera di Talamanca che, nel loro complesso, separano il versante caraibico da quello pacifico, benchè comunque questi comunicano agevolmente grazie alle valli trasversali. Le coste caraibiche sono alquanto uniformi, quelle del Pacifico invece, molto movimentate, formano la penisola di Nicoya e il golfo omonimo, la baia Coronada e la sporgenza del capo Matapalo. Tra i vulcani presenti lungo la Cordigliera, sono da ricordare: Irazu (3.432 m), Turrialba (3.329 m), Poas (2.704), Barba (2.604 m), Miravalle (2.028 m), Tenorio (1.920 m), Rincón de la Vieja (1.895 m), Orosi (1.487 m). Le massime cime del paese appartengono però alla Cordigliera di Talamanca: Chirripó (3.820 m), Terbi (3.761 m), Blanco (3.554 m), Kamok (3.549 m). Sul lato pacifico, si allungano dorsali secondarie, che formano l’ossatura delle penisole di Nicoya e di Osa. Tra la Cordigliera Centrale e quella di Talamanca si apre una depressione tettonica, la Meseta o Valle Central, altopiano con altitudine media di 1.000 m.
Lungo il Mar dei Caraibi, si estende una pianura relativamente vasta, formata da terreno alluvionale, che termina con coste basse e rettilinee. Più esigue sono le pianure sulla costa del Pacifico che, a causa della vicinanza delle catene montuose, sono più accidentate (penisola di Sant’Elena, baia di Coronado, penisola di Osa, golfo Dulce, ecc.). Abbastanza estesa è la piana di Tempisque, che separa la Cordigliera di Guanacaste dai rilievi della penisola di Nicoya.
Il sistema idrografico nazionale è formato da fiumi brevi, ma di portata relativamente elevata; i maggiori corsi d’acqua sono in parte navigabili. Tra questi il Río Corobicí, Diquis, Rio Grande, Reventazón, San Juan, Sarapiquì.